Esta Saga é considerada por muitos, a melhor de toda a série, tanto no anime quanto no mangá. É onde tudo começa, aonde tudo se inicia, ou seja, aonde a magia tem sua abertura no mundo de Cavaleiros do Zodíaco.
Na Grécia, um senhor japonês muito rico, chamado Mitsumasa Kido está em turismo quando lhe aparece um homem muito ferido carregando uma caixa dourada em suas costas e um bebê em seus braços. O homem é Aioros, o cavaleiro de ouro de Sagitário, e em seus braços está a reencarnação de Athena. Aioros, em seus últimos momentos, deixa tudo para o senhor Mitsumasa explicando o que acontecera.
Anos se passam, e a garotinha de nome Saori já é uma criança, a futura herdeira da Fundação Graad de seu suposto avô (Mitsumasa). Nesta fundação estão 100 garotos de toda parte do mundo e eles se separarão de novo para treinarem, Seiya vai treinar na Grécia, Ikki vai para a Ilha da Rainha da Morte (no lugar de seu irmão mais novo), Shun que é irmão de Ikki vai para a Ilha de Andrômeda, Hyoga vai para a Sibéria, e Shiryu para os 5 picos antigos da China. Todos eles treinarão duramente para se tornarem cavaleiros que lutarão na Guerra Galáctica.
Cinco anos se passam, Mitsumasa Kido morre e Saori toma conta da Fundação Graad. Irá começar a Guerra Galáctica e vários cavaleiros já retornaram com as armaduras de bronze. Seiya tem a armadura de Pégasus e é um dos primeiros a lutar, sua luta é contra Geki de Urso. O torneio começa a se desenrolar, Hyoga de Cisne é o penúltimo a chegar, ocorre a incrível batalha entre Seiya e Shiryu de Dragão, aonde o cavaleiro de Pégasus sai vitorioso.
Tudo parece estar decorrendo muito bem no torneio, Shun está nas semifinais e Seiya irá enfrentar Hyoga mas, subitamente, Ikki surge dentro da ânfora da armadura de Sagitário (prêmio do torneio), aparecem então, os cavaleiros negros, seguidores do cavaleiro de Fênix (Ikki). A armadura dourada é roubada por Ikki e seus comparsas, os cavaleiros então têm a missão de recuperar a armadura e derrotar os cavaleiros negros. Shiryu vai até Mu de Jamiel, para ele consertar sua armadura, e a armadura de Pégasus.
A missão então é cumprida, Ikki é derrotado e a armadura é recuperada, mas logo em seguida ela é roubada novamente, a mando do mestre do Santuário, pelos cavaleiros de prata. Seiya tem sua primeira luta com estes cavaleiros, o primeiro é Misty de Lagarto, descobre-se que Marin (mestra de Seiya na Grécia) é na verdade sua irmã. Após algumas batalhas outros cavaleiros de prata são derrotados, Ikki na verdade não morreu, e ocorre a revelação; Saori realmente é a reencarnação da Deusa Athena, eis o motivo do mestre do Santuário querer tanto sua morte.
As coisas se complicam e os cavaleiros de prata foram derrotados, o mestre então resolve usar seu último recurso, os cavaleiros de ouro, os únicos guerreiros no planeta que controlam com plenitude o sétimo sentido. Miro de Escorpião é chamado, mas não se conforma em ir lutar contra cavaleiros de bronze, pois para ele, seria o mesmo que mandar um leão eliminar formigas, Aioria de Leão aparece, e o mestre o manda para o Japão no lugar de Miro, com a idéia de que ele tentaria se redimir pelo seu irmão, o suposto traidor do santuário, Aioros de Sagitário.
Ao chegar no Japão, Aioria vai atrás de Seiya e tenta elimina-lo, mas Shina de Cobra (rival de Marin e mestra de Cássius, o oponente que Seiya enfrentou para ganhar a armadura de pégasus) aparece, e revela que ela tem que matar Seiya, pois ele viu seu rosto coberto pela máscara, e pelas leis do Santuário, uma amazona que teve seu rosto visto por um homem, ou tem que amá-lo ou tem que mata-lo. Aioria parece não se importar e ataca Seiya com seu poderoso cosmo, nem a ajuda de Shun e de Hyoga foi o bastante para vencer o cavaleiro de ouro de Leão mas, de repente, aparece a armadura de sagitário e veste o corpo de Seiya, a luta fica de igual para igual, em seguida Saori aparece e revela toda a verdade sobre Aioros, de que ele não era um traidor, e sim um herói!
Aioros na verdade salvou Athena quando ela era bebê, o mestre do santuário tentou matá-la, mas como o cavaleiro de sagitário o impediu, ele espalhou pelo santuário de que Aioros era um traidor, e que tentou matar Athena.Emocionado, Aioria retorna para o santuário com a intenção de desmascarar o mestre do Santuário para todos, mas os cavaleiros de bronze parecem saber que não será o suficiente, e decidem se preparar para ir ao Santuário pessoalmente.
Aioria entra na sala do mestre, conta-lhe que sabe de toda a verdade, o mestre do Santuário não tem alternativa a não ser matar Aioria, mas a máscara do mestre acaba caindo e ele descobre quem o mestre é. Segundo ele, todos que verem seu rosto, tem que morrer, recoloca a máscara e Shaka, o cavaleiro de ouro de Virgem aparece para cuidar de Aioria. Eles mantêm um equilíbrio na briga, mas por trás, o mestre solta seu golpe ''Satã Imperial'', um golpe que deixa o cavaleiro ''louco'', com muita vontade de matar, e quando finalmente mata alguém, ele sai do transe e se lamenta pelo assassinato que cometeu.
Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Saori chegam no Santuário, mas ao chegarem, Athena é acertada por uma flecha no peito que não pode ser removida. O relógio sagrado é aceso e os cavaleiros têm 12 horas para vencerem todos os 12 cavaleiros de ouro, e salvar Athena.
Na primeira casa, o cavaleiro de Áries é Mu, o homem que antes consertou a armadura de Dragão e de Pégasus, seu ajudante Kiki observa que as armaduras dos 4 cavaleiros estão avariadas depois de tantas batalhas, e Mu pede 1 hora para consertar todas.
A batalha das 12 casas se inicia, ocorrem lutas memoráveis e de muita emoção, Aioria elimina Cássius, que se sacrificou por Shina, Ikki retorna para ajudar os outros cavaleiros, mas morre para matar Shaka de Virgem, descobre-se que o mestre do Santuário é o cavaleiro de Gêmeos, Shiryu morre enfrentando Shura de Capricórnio (que também morre na batalha), Hyoga mata seu próprio mestre Kamus de Aquários, mas morre em seguida, Shun também morre, enfrentando Afrodite de Peixes, esse que também é morto.
Depois de lutar contra Aldebaran de Touro, e Aioria de Leão, Seiya vai até a sala do mestre do santuário, que veste a armadura de Gêmeos, e luta com tanta força que tira todos os sentidos de Seiya, Ikki é ressuscitado graças a Shaka e Mu, então corre para ajudar Seiya. O escudo de Athena é apontado para Saori finalmente, e ela se salva, mas a batalha na décima terceira casa ainda persiste.
Athena vai subindo as 12 casas junto com os cavaleiros de ouro que enxergaram a verdade, no caminho ressuscita Shiryu, Shun, Hyoga. Todos se juntam na décima terceira casa para ajudar Seiya e Ikki que continuam lutando, mas sem nenhum sucesso. Todos os cavaleiros se juntam e unem seus cosmos, para finalmente derrotarem o mestre do santuário, e fazer renascer a harmonia dentro daquelas ruínas antigas.