Tudo começa com Seiya e Shun procurando a entrada para o reino de Poseidon que capturou Saori no final da saga de Asgard. Hilda e Fler mostram aos dois cavaleiros de Athena uma entrada ao qual ambos entram.
Ao despertar após a queda, Seiya e Shun percebem que estão no fundo do Oceano e dentro dos domínios de Poseidon. Enquanto vasculhavam a região os dois se deparam com Tetis e Kanon. Kanon, o general do Dragão Marinho, conta a Seiya a situação de Athena que está aprisionada dentro do pilar principal que enche a cada momento com água.
A única forma de salvar Athena é derrotar os sete marinas e destruir os seus respectivos pilares. Diante da situação, Seiya e Shun se separam para alcançar mais rapidamente o seu objetivo.
Seiya se depara com Baian, o general do Cavalo Marinho, a luta entre ambos é difícil pois o guerreiro de Poseidon parece ser invencível e as escamas de sua armadura, inquebráveis. Depois de muita dificuldade Seiya consegue vencê-lo, no entanto, tem dificuldades em derrubar o pilar com as próprias mãos. Neste momento Kiki aparece com armadura de Libra e avisa que com apenas com uma de suas armas é que o pilar pode ser quebrado. Seiya destrói o pilar e segue o seu caminho.
Shun chega ao pilar do Pacífico Sul e encontra Io de Skilla, Shun tenta a todo custo evitar o combate, no entanto se ve obrigado a lutar e usa as suas correntes para prende-lo. Depois de várias tentativas de destruir o pilar, Kiki aparece com armadura de Libra. Ao desferir o golpe contra o pilar, Io, que estava amarrado pelas correntes de Shun, se joga na frente e morre ao mesmo tempo que o pilar caí em pedaços.Shiryu que chegou ao templo ao lado de Hyoga através de uma passagem nos cinco picos antigos, e sabendo de sua missão, vai até o pilar do Oceano Índico, lá encontra Krishina de Krisaor. Shiryu tem grandes dificuldades por confiar demais em sua armadura, então o cavaleiro luta com as mãos vazias. o cavaleiros de Dragão vence a batalha, no entanto sai cego.Hyoga, Seiya e Shun se dirigem, separadamente, ao pilar do Atlântico Sul. Seiya chega primeiro e encontra Marin que o guia até o pé do pilar, ao chegar a amazona tira a máscara e mostra ser Seika; Seiya é tomado por uma grande emoção, no entanto, cai diante um poderoso golpe. Hyoga é o segundo a chegar no pilar. Para sua surpresa seu mestre Kamus de Aquário o está esperando, em meio a grande felicidade hyoga tomba diante do golpe de seu mestre.Finalmente Shun chega ao pilar do Atlântico Sul e encontra Seiya e Hyoga jogados no chão, ao virar-se dá de cara com Ikki que quer a todo custo matar o irmão. Shun se recusa a lutar então a imagem de Ikki se transforma na de Kasa Ryumunades que possui a capacidade de se transformar no que ele quiser. Shun tenta lutar, mas diante da imagem de seu irmãoo cavaleiro cai em combate.Ikki chega ao local onde Seiya, Hyoga e Shun estão atirados no chão e não se intimida diante da imagem de seu irmão diante dele e aplica um golpe certeiro no coração do general marinho. kiki chega ao local com a armadura de Libra e Ikki se encarrega de destruir o pilar. Ikki segue seu caminho.
Hyoga desperta e vai em direção do pilar do oceano indico. Para sua surpresa encontra Isaak, seu antigo companheiro de treinamento que até aquele momento era dado como morto. A luta entre ambos é terrível, depois de muita dificuldade Hyoga sai vitorioso no entanto com um dos olhos furados. O cavaleiro de cisne destrói o pilar com uma das armas da armadura de libra e segue rumo ao templo de Poseidon.
Shina que havia encontrado Tetis no meio do caminho derrota a sua adversária e segue diretamente ao templo de Poseidon, chegando lá tenta derrotar o Deus dos Oceanos, mas todos os seus golpes são em vão. Poseidon lança um único ataque derrotando a amazona de Athena.
Ikki, nas proximidades do pilar dos Atlântico Norte, sente um poderoso e maligno cosmo. O cosmo era de Kanon irmão gêmeo de Saga de Gêmeos. O Marina aplica um poderoso golpe lançando Ikki para outra dimensão e fim de prende-lo.
Shun se aproxima do pilar do Atlântico Sul e encontra Sorento de Sirene, o mesmo que apareceu no final da Batalha em Asgard que sobreviveu ao ataque de Siegfried. Shun, como de costume, tenta evitar o combate, mas Sorento é imbatível com a sua Flauta. Quando estava prestes a ser derrotado e como último recurso. Shun aplica seu "Tempestade nebulosa". o General marinho é derrotado e o pilar destruído. Shun segue para o templo de Poseidon.
Kanon fica feliz com o rumo que os acontecimentos estavam tomando, no entanto, seus pensamento são interrompidos com a presença de Ikki que conseguiu retornar da outra dimensão. A luta esquenta, mas Ikki sai vitorioso e destrói o pilar, deixando Kanon vivo para se arrepender de seus atos.
No templo de Poseidon, Seiya chega e vê Shina atirada no chão. O cavaleiro percebe que ela foi golpeada por Poseidon que está sentado em seu trono no alto do templo. O cavaleiro de Pégasus tenta atacá-lo, mas seus golpes não conseguem causar nenhum dano. Poseidon lança um golpe poderoso e destrói a armadura de Pégasus. Em um segundo ataque, Seiya teria sido derrotado se não fosse a chagada de Shiryu que também tenta, sem sucesso, atacar.
Hyoga aparece no templo preste a atacar mas Poseidon é mais rápido e contra-ataca, Shiryu tenta mais uma vez proteger, mas tem a sua armadura e escuto destruídos e tomba junto com Hyoga. Seiya se ergue mais uma vez e recebe vários golpes. Quando tudo parecia estar perdido surge a armadura de Sagitário. Seiya dispara a flecha de Sagitário mas ela retorna.
Seiya tenta mais uma vez, no entanto, Poseidon avisa que esse será o último disparo pois ele morrerá com a própria flecha. Em meio a uma enorme indecisão. Shiryu, Shina, Hyoga e Shun de põe na frente de Seiya afim de receber a flecha caso ela retornasse, aumentando assim, as possibilidades de tentativa.
Seiya dispara a flecha que, banhada pelo cosmo de todos, atinge o elmo da armadura de Poseidon fazendo com que o mesmo fique paralisado.
Os cavaleiros seguem caminho e se deparam diante do pilar principal. Antes que pudessem fazer qualquer coisa. Poseidon aparece mais uma vez, mais poderoso do que nunca. As armaduras de Aquário e Libra surgem no entanto as forças das três armaduras douradas não são suficientes. Ikki segura poseidon por trás e ordena que os três cavaleiros salvem Saori.
Seiya, Hyoga e Shiryu tentando de todas as formas derrubar o pilar mas descobrem que o mesmo é poderoso demais. Seiya tem uma idéia e pede para que Shiryu e Hyoga usem seus poderes ao passo que ele se jogará contra o pilar. Neste momento Ikki é jogado longe por Poseidon que lança seu ataque contra o Cavaleiro de Fênix; o ataque é detido por Shun que não consegue reter por muito tempo.
Seiya se joga contra o pilar ao lado do Execução Aurora de Hyoga e o Cólera do Dragão de Shiryu. Poseidon lança seu ataque derrubando todos os cavaleiros. Em sua ira o deus dos oceanos tenta reter Seiya, mas não consegue por causa do cosmo de seus amigos. Seiya desaparece no momento em que se choca contra o pilar.
O pilar racha e vem abaixo, dos escombros sae Seiya segurando Saori no colo. Poseidon lança seu tridente contra a deusa, mas Seiya se coloca na frente e é ferido. Os dois deuses lutam, mas Saori sai vitoriosa e aprisiona o cosmo de Poseidon na Anfora.
Os oceanos se acalmam e o sol volta a brilhar. O templo sagrado sucumbe diante da queda de seu deus. Os cavaleiros conseguem se salvar graças ao cosmo de Saori que os leva a superfície. No final, todos contemplam o por do sol.